Se han avistado la llegada de las colonias del flamenco rosado (Phoenicopterus ruber) en el sector sur de la Laguna Navío Quebrado y otros cientos más en el sector Laguna grande en el área protegida.
De acuerdo al monitoreo realizado sobre el comportamiento de esta especie en el área protegida, se ha identificado que, durante los meses de noviembre y marzo se pueden ver las mayores concentraciones de adultos, mientras que entre los meses de abril y octubre es cuando menos flamencos se observan, presumiendo que la llegada de la especie al Santuario sea directamente desde la ciénaga de los Olivitos (Venezuela).
Factores como la salinidad y la disponibilidad de oferta alimenticia en el área protegida determinan la permanencia de la especie antes de migrar hacia sitios de anidación y reproducción hacia Venezuela.
El flamenco es una especie de vital importancia para Parques Nacionales, ya que, al proteger su hábitat, se conserva la fuente de alimento y refugio de otras especies más pequeñas de la región caribe.
Así mismo, al ser un ave emblemática del área protegida, permite que los guardaparques generen procesos de educación, sensibilización y apropiación del territorio con las comunidades Wayuu, prestadores de servicios y visitantes, y continúen trabajando en las acciones de mitigación de presiones y conservación de este importante valor objeto de conservación.
El Santuario de Fauna y Flora Los Flamencos es considerada Zona de Importancia para la Conservación de las Aves – AICA2 “Complejo de Humedales costeros de La Guajira”, ya que aves como el flamenco rosado, el águila pescadora, y reptiles como la tortuga caná, la tortuga cabezona y la tortuga Carey, hacen parte del grupo de especies que tienen como punto de paso el área protegida en su ruta migratoria, ya que esta es zona de refugio, de descanso, anidación y alimentación.
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